virtualboxでの話です。
vagrant up した時に、従来使用していたvmと別のを新規作成して、以降そちらを起動するように
この場合は、Vagrantfileのあるディレクトリの下にあるidファイルを修正するとよい。
.vagrant\machines\default\virtualbox\id
修正は、従来使用していたvmのidに書き換える。
従来のvmのidは、VBoxManage list vms
で見ることができる。
c:\Program Files\Oracle\VirtualBox>VBoxManage list vms "freebsd-9.2-amd64-wunki" {37cdfd7e-2559-4b92-8e0d-1140cdbfd887} "precise64" {6a78bb06-36a3-4b89-a202-0e6943d3b311} "ubuntu_default_1386597233" {46a4e54c-a01d-4d1b-b311-a4a38b9a794b} c:\Program Files\Oracle\VirtualBox>
こんな感じ。